粪大肠菌群来自人和其他温血动物的肠道，通过粪便排出。大肠菌群在自然环境中的存活时间与病原菌最接近，且以大肠菌群在肠道中的数量最多。因此，粪大肠菌群含量能较好的反映水体中肠道致病菌的含量，作为指示菌符合对水质进行粪便污染检测的要求。粪大肠菌群数的高低，表明了粪便污染的程度，也反映了对人体健康危害性的大小。目前，常见的饮用水粪大肠菌群的检测方法主要有多管发酵法、滤膜法、酶底物法等。
1.多管发酵法
主要是通过污染水样接种入根试管中进行恒温培养，利用大肠菌群繁殖时使乳糖发酵，并能使乳糖蛋白胨培养液变黄，同时产生气泡的特有现象，根据不同接种量的发酵管所表现阳性结果的数目，从MPN表中查的相应的MPN指数，计算每升水中粪大肠菌群的最近似值。
2.滤膜法
将水样注入已灭菌的放有孔径为0.45μm滤膜的滤器中，经过抽滤，将细菌截留在膜上，然后将滤膜贴于M-FC培养基上，经44.5℃温度下进行培养，计数培养基上呈蓝色或蓝绿色的菌落，计算出每升水的粪大肠菌数。
3.酶底物法
将加入酶底物检测试剂的100ml水样注入51孔或97孔的定量测量盘中进行密封后培养，由于大肠菌群细菌能产生一种β-半乳糖苷酶分解PG使得培养液呈黄色，同时大肠埃希氏菌可以产生葡萄糖醛酸酶分解MUG，培养液将会在波长366nm紫外光下产生荧光反应。通过计算有黄色反应和荧光反应的孔穴数，可对照MPN表查出其代表的粪大肠菌群最可能数。
通过以上对比，多管发酵法和滤膜法这两种方法检测粪大肠菌群时间相对较长（48~72h），需确认试验，试验步骤较为繁琐，干扰因素多，并且不适合大量样品的分析，也不能对饮用水的卫生学状况做出快速评价；而酶底物法检测粪大肠菌群只需18~24h培养即可报告结果，操作简便、结果可靠，无需确认试验。
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