二氧化氯名字里虽然含有“氯”字，但是不属于氯制剂消毒剂，其杀菌原理不是“有效氯”起作用，而是二氧化氯分子所起的作用，二氧化氯极溶于水，但是又不和水反应，几乎不发生水解，水溶液中的亚氯酸和氯酸只占整体溶液的2%。
二氧化氯在水产养殖应用中主要是可以吸附病毒、细菌等微生物，并穿透细胞壁进入细胞内，直接氧化细胞内的氨基酸，控制微生物的蛋白质合成，起到很明显的杀菌作用。
二氧化氯具有极强的氧化作用，无论是在液体或气体的状态之下，都可以杀灭一切致病的微生物。并且在其消毒的过程中不产生氯代的有机物——三氯甲烷，杀菌后的残液中所含有的有害物质也非常少，是一种高效的、广谱、安全的氧化性消毒剂。
所以，二氧化氯不会产生余氯。余氯主要是指一些含氯的消毒剂，比如：二氯乙氰尿酸、三氯氰尿酸、漂白粉，也就是次氯酸钙等在水解过程中形成次氯酸，次氯酸具有很强的氧化和消毒作用，来达到杀灭病原微生物的目的，其产生的次氯酸盐或者次氯酸根就属于水体中的余氯，会对养殖动物造成一定的危害，所以在水产养殖中余氯不应超过0.2毫克每升。
因为二氧化氯极其稳定，无论是在海水、淡水，总碱、硬度不同的水环境下，进入水体后不发生水解，只是形成二氧化氯分子，这些分子具有极强的氧化性，在使用时不会对水体造成余氯超标的问题。如果使用二氧化氯后所检测的余氯严重超标时，要注意两个方面，一可能是所使用的二氧化氯中含有漂白粉、二氯异氰尿酸、三氯异氰尿酸等导致的；二所使用的检测器械不准确所致。
根据2023年4月1日实施的《生活饮用水卫生标准》GB5749-2022，生活饮用水二氧化氯等消毒剂常规指标及要求如表1所示：
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